La enseñanza de las Ciencias constituye un aspecto estratégico para el desarrollo del país.
En el constante desafío por modernizar su quehacer académico y su gestión, la Facultad de Ciencias de la Universidad de Magallanes ha propuesto, a contar del 2004, la creación de nuevas alternativas académicas en el área de la pedagogía y la Biología Marina; además, del desarrollo de una moderna infraestructura destinada a sala de clases y laboratorios. Estas iniciativas se encuentran asociadas al proyecto MECESUP "Innovación, Mejoramiento de la Calidad y de la Pertinencia del Proceso Enseñanza- Aprendizaje en la Facultad de Ciencias, con Enfasis en la Equidad, Diversidad, Eficiencia y Eficacia", iniciado en marzo del 2000 y que corresponden a una inversión cercana a los 900 millones de pesos.
En el área de la investigación científica destacan las líneas relacionadas con la Atmósfera y Física Espacial: Monitoreo y Estudios de Climatología de Ozono, Monitoreo y Estudios de Alta Atmósfera. Además, se realizan estudios de Productos Naturales, Contaminación Marina, Recursos Marinos, Ecología Vegetal y Transferencia Tecnológica en el área Silvo Agropecuaria y Acuícola.

La Facultad de Ciencias fue creada oficialmente el 9 de enero de 1990. En la actualidad, está integrada por los departamentos de Ciencias y Recursos Naturales, Matemática y Física; y la Escuela de Ciencias y Tecnología en Recursos Agrícolas y Acuícolas.
Su principal misión es desarrollar el ámbito de las Ciencias Físicas, Matemática, Estadística, Biología, Química y Ciencias Ambientales, para contribuir al progreso científico tecnológico de la región austral, además de ofrecer una propuesta docente actualizada.